理由は、9v-pf変換ケーブルがPFの2系統の電気回路のうち(電圧可変と電圧固定)、1系統(電圧可変)にしか通電してなかったから。受光ユニットが使ってるのは電圧固定のほうです。
ここで魔改造……ケーブルを切って張ったすれば006PをPFリモコンで使うことは可能でした。ただ、受光ユニットの改造はもったいない感じはするので、006P用のコネクタ類を改造するほうがマシ?ではあったようです。これでも実用にはなったのですが。
参考。【レゴ製品(トレイン?)】pfで006P電池が使えるアダプタ「minizip」。キックスターターで募集中
(同じ物は自作可能です)
さて、今度の「技」は、魔改造に違いないのですが不可逆的な改造を伴わない策です。ユウユウ様の作品より。

まず、006P電池BOXに取り付けた「PF-9V変換ケーブル」の9V側コネクタ上部にあるPF接点。
その4つある接点のうち2箇所をアルミ箔等でショートさせます。
先の、「固定」「可変」を一系統にまとめているわけですね。

その上を、折り返しで「PF-9V変換ケーブル」のPF側コネクタで押さえつける。
更にその上に、受光ユニットからのコネクタを取り付ければok。一見PowerFunctionデバイス無駄使いしてるように見えて、素直に接続した時と使用デバイス数が変わっていない。必要なのは僅かなアルミ片のみというのがミソですね。
なお、シャチ(bikkubo)様からも同種の提案があります(元画像Flickr)

組み込み状態。006P電池BOX−「PF-9V変換ケーブル」−「PF受光ユニット」を普通につないでいますが右上に注目です。

拡大。こちらはコネクタの裏面(受光ユニットから伸びてくるケーブルのコネクタ裏面)の接点をアルミ片でショートさせてる由。やはり使用デバイス数は変わりありませんので財布(or限度額)にやさしい?
◆◇◆◇◆◇◆
なお、006Pは動力系に使用すると電池消費が凄く早い! 文字通り1.5Vの小型アルカリ(マンガン)電池を6個合わせた作りですから(だから006P)。
二次電池のほうがコスト的には無難で、リチウムイオンタイプがお勧め。
自分も以前、PFの仕様がわからないまま(酷)、「006P電池BOXと、PF用電池BOXを魔改造で合体」させるという荒っぽい改造を行ったことがあり、その改造品で未だ愛用していますよ。
参考:【アイディア】無いなら作れ! PowerFunction用006P電池BOX

(電池が不安な方は国内メーカーのニッケル水素タイプもあります……)
言うまでもありませんが、この種の非正規使用に関しては「自己責任」でお願いします。
故障はあり得ますし、ショートさせているわけですから最悪発火などもあり得ます。
◆◇◆◇◆◇◆
余談。
S-BRICK(社外品のPowerFunction用BT受信機。4ch)と純正PF受光ユニットのサイズ差異(キシイーヌ様提供の画像)

寸法だけでS-BRICK採用のメリットはあるのかしら……? 無論、受光部を露出させる必要もなし。
S-BRICKの高度過ぎる機能はトレインにはいささか勿体無いというのは事実ですが。数が必要になるトレイン用には高度かつ高価……な印象は否めません。廉価版をお願いしたいところです……。
【関連する記事】